על אף השיפור שחל בשנים האחרונות, איכות מי הנחל אינה עומדת עדיין בתקן הסביבתי לאיכות מי נחל קישון במספר פרמטרים. על מנת לעמוד מקרוב על השינויים המתרחשים באיכות מי הנחל, רשות נחל הקישון מבצעת מעקב מתמיד אחר איכות המים בנחל ויובליו באמצעות הפעלת מערך ניטור. מערך זה כולל מספר תחנות דיגום ומנעד רחב של מדדים. דוחות אלה מציגים תוצאות ניטורים עונתיים מורחבים, כפי שנקבע בתכנית הניטור הכוללת המפורטת בתקן הסביבתי לאיכות מי נחל קישון.