הניטור בוצע בספטמבר 2017 בשבע תחנות ממורד מאגר כפר ברוך ועד לשפך הנחל לים התיכון ובמקטע האסטואר, במטרה לאפיין את המצב האקולוגי של הנחל בתקופת הסתיו. הניטור בוצע על ידי המרכז הלאומי לאקולוגיה אקווטית באוניברסיטת תל אביב. בשל השינויים ההידרולוגיים והפיזיקו-כימיים בנחל, המלווים בשינויים מורפולוגיים הנובעים מעבודות תשתית נרחבות לאורך האפיק, אפיון הנחל המתבסס על מדדים כימיים בלבד אינו משקף את מכלול ההשפעות על מצב הנחל. לפיכך הסקר הנוכחי התמקד בחברת חסרי החוליות הגדולים כמדד ביולוגי להערכת המצב האקולוגי של הקישון.