שומרי הנחלהניטור בוצע במאי 2020 ב-15 מקטעים, ממעלה הקישון באזור עמק יזרעאל ועד לשפך בים, בנוסף ל-9 יובלים ראשיים המתנקזים אל הקישון מצפון ומדרום.
מטרת הסקר הייתה לבחון את המצב האקולוגי של הנחל בתקופת האביב.
בסקר הנוכחי הורחבה מסגרת הפעילות לניטור אגני הכולל בנוסף לערוץ הקישון גם את יובליו המרכזיים. ההבדל העיקרי בין הניטור האגני לניטור הנחל בלבד הינו בהתייחסות לתרומות של מים וחומרים המתנקזים מרחבי האגן אל הקישון. באופן זה ניתן לזהות השפעות של אזורים שונים באגן על מצבו האקולוגי של הקישון.