המערכת התחתונה של נחל קישון נדגמה באביב 2015. שבע תחנות נדגמו בנחל קישון (מעלה הנחל, לבניות, גשר ההסתדרות, אקליפטוס, גשר יוליוס סימון, מוצא הנחל ופתח נמל הקישון). מטרות הניטור הן לעקוב אחר שינויים מרחביים, עונתיים, ורב שנתיים באוכלוסיות המיקרואצות (פיטופלנקטון) והחיידקים, וקצב פעילותם (יצרנות ראשונית וחיידקית), בחלקו המלוח של נחל קישון ואת התנאים הסביבתיים הנלווים.