המערכת התחתונה של נחל קישון נדגמה באביב 2018. שבע תחנות נדגמו לאורך נחל קישון המלוח, החל ממעלה זרם הנחל ועד לנקודת יציאתו לים.
מטרות הניטור הנן לעקוב אחר שינויים מרחביים, עונתיים ורב שנתיים באוכלוסיות המיקרואצות (פיטופלנקטון) והחיידקים וקצב פעילותם (יצרנות ראשונית וחיידקית), בחלקו המלוח של נחל קישון ואת התנאים הסביבתיים הנלווים.