המערכת התחתונה של נחל קישון נדגמה באביב 2020. שבע תחנות נדגמו לאורך נחל הקישון בעיקר בחלקו המלוח. מטרות הניטור הינן לעקוב אחר שינויים מרחביים, עונתיים, ורב שנתיים באוכלוסיות המיקרואצות (פיטופלנקטון) והחיידקים, קצב פעילותם (יצרנות ראשונית וחיידקית) והתנאים הסביבתיים הנלווים.