המערכת התחתונה של נחל קישון נדגמה בסתיו 2017. שבע תחנות נדגמו לאורך הנחל, החל ממעלה הנחל ועד לנקודת יציאתו לים. מטרות הניטור הנן לעקוב אחר שינויים מרחביים, עונתיים ורב שנתיים באוכלוסיות המיקרואצות (פיטופלנקטון) והחיידקים וקצב פעילותם, בחלקו המלוח של נחל קישון ואת התנאים הסביבתיים הנלווים.