המערכת התחתונה של נחל קישון נדגמה בסתיו 2018. שש תחנות נדגמו לאורך הנחל, החל ממעלה הנחל ועד לנקודת יציאתו לים. מטרות הניטור הינן לעקוב אחר שינויים מרחביים, עונתיים ורב שנתיים באוכלוסיות המיקרואצות (פיטופלנקטון) והחיידקים, וקצב פעילותם (יצרנות ראשונית וחיידקית), בחלקו המלוח של נחל קישון ואת התנאים הסביבתיים הנלווים.