המערכת התחתונה של נחל קישון נדגמה שלוש פעמים במהלך קיץ 2014 וכן פעם אחת בסתיו. שלוש תחנות נדגמו לאורך הנחל בדיגומי הקיץ: גשר ההסתדרות, גשר יוליוס סימון ומעגן הדייג. דיגום הסתיו נעשה במתכונת חדשה והתווספו תחנות נוספות במעלה הזרם. מטרות הניטור הינן לעקוב אחר שינויים מרחביים, עונתיים ורב שנתיים באוכלוסיות המיקרואצות, החיידקים וקצב פעילותם בחלקו המלוח של נחל קישון ואת התנאים הסביבתיים הנלווים.