המערכת התחתונה של נחל הקישון נדגמה באביב 2021. שבע תחנות נדגמו לאורך הנחל החל ממעלה הנחל ועד לנקודת יציאתו לים.
מטרות הניטור הינן לעקוב אחר שינויים מרחביים, עונתיים, ורב שנתיים באוכלוסיות המיקרואצות (פיטופלנקטון) והחיידקים וקצב פעילותם (יצרנית ראשונית וחיידקית), בחלקן המלוח של נחל הקישון ואת התנאים הסביבתיים הנלווים.