שומרי הנחלבשנת 1998 הוחלט ע"י סמנכ"ל לאכיפה דאז במשרד להגנה"ס, להשתמש במתן "היתרי הזרמה לים" עבור המפעלים המזרימים את קולחיהם לנחל קישון. הליך זה מבוצע על פי החוק למניעת זיהום הים ממקורות יבשתיים.
היתרי הזרמה לים ניתנים ע"י ועדה בין-משרדית, בראשותה עומד נציג המשרד להגנת הסביבה.
היתרים הניתנים למפעלים כוללים אמות מידה להזרמה לים ודרישות פרטניות של איכויות ההזרמה לכל מפעל ומפעל בהתאם לאופי שפכיו. בהיתרים נדרשים המפעלים לדיווח הכולל תוכנית ניטור, ניטור מקוון רציף של איכות ההזרמות לקישון ודרישות נוספות. אמות המידה הנכללות בהיתר ההזרמה מוחמרות מעת לעת בהתאם להתפתחות הטכנולוגית בתחום הטיפול בשפכי תעשייה.
בתחילת שנות ה-2000 חוייבו המפעלים בהקמת מערכות טיפול בשפכים, ובעמידה באמות המידה שנקבעו בהיתרי ההזרמה. בעקבות זאת, חל שיפור משמעותי באיכות מי הנחל.
בנוסף, נדרשו המפעלים לבצע איחוד מוצאים כך שכל מפעל הזרים את קולחיו מצינור מוצא אחד.
שינויים באיכות מי נחל הקישון בשנים האחרונות
בשנים 2016-2018 נראה כי ממשיכה מגמת הירידה במרבית ריכוזי המזהמים בנחל כמו בשנים שקדמו להן.
הירידה בשנים אלו משוייכת בעיקר לסגירת מפעל חיפה כימיקלים והפסקת הזרמת קולחיו לנחל.
משנת 2018 ישנה עלייה בריכוזי החנקן והזרחן הכלליים ובריכוזי החומר האורגני בנחל. על פי הערכתנו, מקור עלייה זו בהזרמות מתמשכות של ביוב ומי קולחים לנחל. הזרמות אלו מעשירות את הנחל בחומרי הזנה וגורמות לפגיעה במערכת האקולוגית האקווטית בנחל.
במדידת החיידקים הצואתיים במי הנחל ניתן להבחין בהתאמה לעליה בריכוז החנקן הכללי. זהו חיזוק נוסף להשערה כי מקור ההזרמות בביוב וקולחים. בעקבות ריבוי הגשמים בשנים 2019-2021 חקלאי אגן הניקוז צרכו פחות מי קולחים להשקייה ועודפי הקולחים הוזרמו לנחל. בנוסף, אירועי הגשם החריגים יצרו עומסים על מכוני טיהור השפכים אשר גרמו לתקלות ולהזרמת ביוב גולמי לנחל.
בשנה האחרונה (2022) נראתה ירידה בריכוזי החיידקים בנחל. עובדה זו מתיישרת עם מיעוט הגשמים ביחס לשנתיים הקודמות לה.