המטרה המרכזית של תכנית האב לנחל הקישון, הינה הפיכת נחל הקישון ממטרד למשאב. מטרה זו ניתנת למימוש, למרות שמורד הנחל סובל כיום מזיהום תעשייתי וסניטרי כבד ביותר.