תקן סביבה לאיכות מים מגדיר את איכות המים הנדרשים בנחל (או בכל גוף מים אחר), ואינו מגדיר את איכות ההזרמות השונות אליו. תקני סביבה הם כלי בסיסי בניהול, תכנון ופיקוח על איכויות המים בנחל. בהתאם, תקן איכות מי הקישון נדרש לרשות הנחל לצורך ההגדרה הכמותית של האיכויות הנדרשות לצורך שיקומו של נחל הקישון.

שביל הנחל מאזור כפר חסידים ועד פארק העמקים שנסלל ביוזמת רשות נחל הקישון בשנת 2008, שודרג לאחרונה לאחר שסבל מנזקים שגרם אירוע שיטפוני אשר התרחש בשנת 2012. רשות הנחל, בשיתוף מועצה אזורית זבולון ורשות ניקוז קישון השלימה את תיקון הנזקים שנגרמו לשביל ושדרגה אותו בתוספת מעקות בטיחותיות, ספסלי ישיבה ופינות מנוחה. השדרוג כלל הנגשת הקטע

שביל נחל פארק העמקים-קריית חרושת בשנת 2010, הושלם המשכו של שביל הנחל מפארק העמקים ועד שכונת קריית חרושת בטבעון. השביל בוצע על ידי הקרן הקיימת לישראל. שביל זה צמוד לתוואי הזרימה הטבעי של הנחל. גם שביל זה נפגע באירועי שיטפונות של הנחל בשנים האחרונות. רשות הנחל שותפה בימים אלה ליוזמה לשדרג ולתקן קטע שביל זה,

בעקבות הגשמים העזים שפקדו את מפרץ חיפה הבוקר, דיווח ממונה הפיקוח ברשות נחל הקישון, כי שמן שחור בכמות רבה זרם ממוצא הניקוז העירוני של איזור הצ'ק פוסט בחיפה לנחל סעדיה.

Israel Ministry of Environmental Protection. (2013). Dredging and Sediment Remediation in the Kishon River. Israel Environment Bulletin, 39, 21-26.