שומרי הנחלהסקר בוצע בספטמבר 2016 בשמונה תחנות ממורד מאגר ברוך ועד לשפך הקישון לים התיכון כולל מקטע האסטואר, במטרה לאפיין את המצב האקולוגי של הנחל בתקופת הסתיו.
הניטור בוצע לראשונה בשיטת עבודה חדשה על ידי המרכז הלאומי לאקולוגיה אקווטית שבאוניברסיטת תל אביב, בראשות ד"ר ירון הרשקוביץ.
בשל השינויים ההידרולוגיים והפיזיקו-כימיים בנחל, המלווים בשינויים מורפולוגיים הנובעים מעבודות תשתית נרחבות לאורך האפיק, אפיון הנחל ומצבו האקולוגי נעשה על ידי ניטור חברת חסרי החוליות הגדולים בשילוב עם אפיון התשתית המינרלית והאורגנית וחישוב מגוון בתי הגידול במקטע המייצג.