ניטור עונתי מקיף נערך ע"י צוות רשות נחל הקישון בין התאריכים 17-24.10.2006 וכלל ניטור כימי ב-26 תחנות דיגום לאורך הנחל ממעלהו שבחל התנעכים ועד למורדו ומוצאו אל הים במפרץ חיפה. כמו כן נדגמו יובליו העיקריים (גדורה, סעדיה, מזרע ועדשים).