נחל קישון הוא הנחל המנוטר ביותר מבין נחלי החוף של ישראל. רשות נחל הקישון מבצעת מעקב בכל שנה, עפ"י תוכנית ניטור, אחר איכות המים מבחינה פיזיקו-כימית ומבחינה ביולוגית.